4-Thiouridine
(Synonyms: 4-硫代尿苷) 目录号 : GC42474
4-Thiouridine 4-硫脲(4sU)是核糖核苷类似物，可用于RNA分析和(m)RNA标记。
Cas No.:13957-31-8
Sample solution is provided at 25 µL, 10mM.
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4-Thiouridine(4sU) is a ribonucleoside analogue that can be used for RNA analysis and (m)RNA labeling[1]. 4-Thiouridine is a sulfur-containing uridine derivative in which the oxygen atom at the 4-position of the uridine ring is replaced with a sulfur atom. This modification is naturally found in certain RNA molecules, particularly in bacterial transfer RNA (tRNA), where it plays a role in stabilizing RNA structure and enhancing its function[2-3].
In laboratory applications, 4-thiouridine serves as a labeling tool to study RNA synthesis, metabolism, and localization[4-5]. Upon UV irradiation, s4U-labeled RNA can form covalent cross-links with adjacent molecules, such as proteins, which facilitates the analysis of RNA interactions and dynamics within cells[6].
4-Thiouridine can interfere with nucleolar integrity and trigger a nucleolar stress response. 4-Thiouridine triggers translocation of NPM1, stabilization of p53, and inhibition of proliferation [7].
References:
[1]. Dölken L, Ruzsics Z, et,al. High-resolution gene expression profiling for simultaneous kinetic parameter analysis of RNA synthesis and decay. RNA. 2008 Sep;14(9):1959-72. doi: 10.1261/rna.1136108. Epub 2008 Jul 24. PMID: 18658122; PMCID: PMC2525961.
[2]. Hafner M, Landthaler M, et,al. Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP. Cell. 2010 Apr 2;141(1):129-41. doi: 10.1016/j.cell.2010.03.009. PMID: 20371350; PMCID: PMC2861495.
[3]. Windhager L, Bonfert T, et,al. Ultrashort and progressive 4sU-tagging reveals key characteristics of RNA processing at nucleotide resolution. Genome Res. 2012 Oct;22(10):2031-42. doi: 10.1101/gr.131847.111. Epub 2012 Apr 26. PMID: 22539649; PMCID: PMC3460197.
[4]. Rädle B, Rutkowski AJ, et,al. Metabolic labeling of newly transcribed RNA for high resolution gene expression profiling of RNA synthesis, processing and decay in cell culture. J Vis Exp. 2013 Aug 8;(78):50195. doi: 10.3791/50195. PMID: 23963265; PMCID: PMC3854562.
[5]. Schwanhäusser B, Busse D, et,al. Global quantification of mammalian gene expression control. Nature. 2011 May 19;473(7347):337-42. doi: 10.1038/nature10098. Erratum in: Nature. 2013 Mar 07;495(7439):126-7. doi: 10.1038/nature11848. PMID: 21593866.
[6]. Sun W, Chen W. Metabolic Labeling of Newly Synthesized RNA with 4sU to in Parallel Assess RNA Transcription and Decay. Methods Mol Biol. 2018;1720:25-34. doi: 10.1007/978-1-4939-7540-2_3. PMID: 29236249.
[7]. Burger K, Mühl B, et,al. 4-thiouridine inhibits rRNA synthesis and causes a nucleolar stress response. RNA Biol. 2013 Oct;10(10):1623-30. doi: 10.4161/rna.26214. Epub 2013 Sep 4. PMID: 24025460; PMCID: PMC3866244.
4-Thiouridine 4-硫脲(4sU)是核糖核苷类似物，可用于RNA分析和(m)RNA标记[1]。4-Thiouridine是一种含硫的尿嘧啶衍生物，其中尿嘧啶环上4位的氧原子被硫原子取代。这种修饰在某些RNA分子中自然存在，特别是在细菌转移RNA (tRNA)中，它在稳定RNA结构和增强其功能方面发挥作用[2-3]。
在实验室应用中，4-Thiouridine可作为研究RNA合成、代谢和定位的标记工具[4-5]。在紫外线照射下，4-Thiouridine标记的RNA可以与邻近的分子(如蛋白质)形成共价交联，这有助于分析RNA在细胞内的相互作用和动力学[6]。
4-Thiouridine可以干扰核仁完整性并引发核仁应激反应。4-Thiouridine触发NPM1易位，稳定p53，抑制增殖[7]。
一、 4-thiouridine标记方案[1]：
4-thiouridine 溶液：用4-thiouridine粉末在ddH2O中配制成50mM的原液，过滤除菌。将溶液保存在- 20℃，避光，每份100μl。
1． 1.5 × 106 2fTGH细胞在4-thiouridine(10µM)下培养，裂解，提取总RNA，用于体内代谢标记。
2． 总RNA 50μg用biotin-HPDP (1mg/ml；2μl/μg RNA)在生物素化缓冲液 (100mM Tris, 10mM EDTA, pH 7.4, 1μl/μg RNA)中室温下处理1.5h。
3． 加入等量氯仿，混合，与生物素化RNA孵育3min。混合物在 pre-spun Phase Trap Gel Heavy Tubes中分离(5min, 16000rpm)。
4． 为了沉淀RNA和去除未掺入的biotin-HPDP，在水相中加入1/10体积的5M NaCl和等体积的异丙醇，离心(20min, 16000rpm)。
5．Pellet在等体积的75%乙醇中洗涤，离心(10min, 16000rpm)。
6． 将RNA重悬于100μl RNase-free 的水中。
7． 将未标记的RNA和4-thiouridine标记的RNA加热至65℃，10min，在冰上冷却5min。RNA与75μl链亲和素包被的磁珠旋转孵育15min。
8． 将反应体积施加于μMACs柱上，置于OctoMACS分离器磁架中，用900μl μMACs洗涤缓冲液(100mM Tris, 10mMEDTA, 1M NaCl, 0.1% Tween-20, pH 7.5)平衡。
9． 用μMACS洗涤缓冲液洗涤色谱柱。
10. 4-thiouridine-biotin-streptavidin标记的RNA用700μl 含有二硫赤藓糖醇(100mM)的RLT裂解缓冲液洗脱。
11. 用PeqGOLD总RNA试剂盒回收4-thiouridine标记RNA。
12. 4-thiouridine标记RNA用含溴化乙啶(37.5μg/100ml)的1.5%琼脂糖凝胶分离。
13. 用AIDA软件对紫外照射下RNA信号进行定量分析。
本程序仅提供指导，请根据您的具体需求进行修改。
References:
[1]. Burger K, Mühl B, et,al. 4-thiouridine inhibits rRNA synthesis and causes a nucleolar stress response. RNA Biol. 2013 Oct;10(10):1623-30. doi: 10.4161/rna.26214. Epub 2013 Sep 4. PMID: 24025460; PMCID: PMC3866244.
| Cas No. | 13957-31-8 | SDF | |
| 别名 | 4-硫代尿苷 | ||
| Canonical SMILES | OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C=CC(NC2=O)=S)O1 | ||
| 分子式 | C9H12N2O5S | 分子量 | 260.3 |
| 溶解度 | DMF: 10 mg/ml,DMSO: 10 mg/ml,Ethanol: 2 mg/ml,PBS (pH 7.2): 5 mg/ml | 储存条件 | Store at -20°C |
| General tips | 请根据产品在不同溶剂中的溶解度选择合适的溶剂配制储备液；一旦配成溶液，请分装保存，避免反复冻融造成的产品失效。 储备液的保存方式和期限：-80°C 储存时，请在 6 个月内使用，-20°C 储存时，请在 1 个月内使用。 为了提高溶解度，请将管子加热至37℃，然后在超声波浴中震荡一段时间。 |
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| Shipping Condition | 评估样品解决方案：配备蓝冰进行发货。所有其他可用尺寸：配备RT，或根据请求配备蓝冰。 | ||
| 制备储备液 | |||
 |
1 mg | 5 mg | 10 mg |
| 1 mM | 3.8417 mL | 19.2086 mL | 38.4172 mL |
| 5 mM | 0.7683 mL | 3.8417 mL | 7.6834 mL |
| 10 mM | 0.3842 mL | 1.9209 mL | 3.8417 mL |
| 第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量） | ||||||||||
| 给药剂量 | mg/kg |  |
动物平均体重 | g | |
每只动物给药体积 | ul | |
动物数量 | 只 |
| 第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶于水的药物；不同批次药物配方比例不同，请联系GLPBIO为您提供正确的澄清溶液配方） | ||||||||||
| % DMSO % % Tween 80 % saline | ||||||||||
| 计算重置 | ||||||||||
计算结果:
工作液浓度： mg/ml；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL，
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL saline，混匀澄清。
1. 首先保证母液是澄清的；
2.
一定要按照顺序依次将溶剂加入，进行下一步操作之前必须保证上一步操作得到的是澄清的溶液，可采用涡旋、超声或水浴加热等物理方法助溶。
3. 以上所有助溶剂都可在 GlpBio 网站选购。
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